Okres II wojny światowej był definitywnym kresem ziemiańskiej historii pałacu w Dobrzycy. Wnętrza zostały rozgrabione i zdewastowane przez okupanta. Utworzono obóz przejściowy dla internowanych ziemian. Przez pierwsze lata powojenne we wnętrzach pałacowych magazynowano zboża. Od 1951 r. w pałacu pojawili się lokatorzy prywatni, a w 1952 r. zaczął w nim funkcjonować dom kultury i biblioteka gminna. Dopiero wtedy rozpoczęto pierwsze od wielu lat prace remontowe w pałacu, obejmujące m.in. skotwienie murów, wymurowanie nowych przewodów kominowych i wymianę pokrycia dachowego. Problemy z finansowaniem sprawiły, że ich realizacja przeciągnęła się aż do 1958 r. W tym okresie przeprowadzono również pierwsze prace konserwatorskie i restauratorskie przy części polichromii ściennych w pałacu. Rozebrano wtedy wtórne, dziewiętnastowieczne przepierzenia w Sali z Pejzażem i Sali Egipskiej, co umożliwiło odsłonięcie zamalowane tam pejzaży. Po usunięciu późniejszych przemalowań oryginalną polichromię odkryto również na głównej klatce schodowej.
W ciągu następnych niemal trzydziestu lat obiekt nadal jednak nie był właściwie użytkowany – obok mieszkań prywatnych czasowo znajdowały się w nim biura zakładów obuwia, szkoła powszechna i klubokawiarnia, a na działalność kulturalno-oświatową (bibliotekę i ekspozycja pamiątek regionalnych) przeznaczone były natomiast tylko niektóre pomieszczenia. Poza zrealizowanymi w 1966 r. drobnymi pracami konserwatorskimi przy polichromiach, prowadzono tylko interwencyjne remonty, podejmowane zazwyczaj z dużym opóźnieniem, co doprowadzało do dalszego pogarszania stanu obiektu. Ciągłej dewastacji ulegały też obiekty w parku – rozebrano wówczas kasztel (sztuczne ruiny), stajnie cugowe, mostki, tzw. bramę wodną oraz część ogrodzenia od strony południowej, wycięto liczne zabytkowe drzewa i dokonano zniszczeń roślinności.
W obliczu dokonujących się w pałacu i parku dewastacji niewiele pomagały interwencje członków miejscowego Koła PTTK. Chcąc spopularyzować dobrzycki zabytek, zorganizowali oni w 1961 r. Ogólnopolski Rajd Turystów i Zjazd Społecznych Opiekunów Zabytków Województwa Poznańskiego. W latach późniejszych członkowie Koła wysyłali liczne monity do władz, petycje do ważnych osobistości, wreszcie starali się zainteresować sprawą prasę – zarówno regionalną, jak i ogólnokrajową, w której ukazało się szereg artykułów alarmujących o fatalnym stanie dobrzyckich zabytków. Starano się znaleźć również nowego użytkownika obiektu, zdolnego do wzięcia na siebie ciężaru prac remontowych i zabezpieczających – m.in. w porozumieniu z ówczesnym dyrektorem Muzeum Narodowego w Poznaniu zgłoszono pomysł powołania w pałacu Muzeum Portretu Wielkopolskiego.
Choć już w latach siedemdziesiątych powstał projekt przekazania pałacu Muzeum Narodowemu w Poznaniu, to jednak daleko było mu do realizacji. Wykwaterowywanie dotychczasowych użytkowników przeciągnęło się bowiem aż do połowy lat osiemdziesiątych. W rezultacie obiekt ulegał wówczas dalszej dewastacji – wskutek nie wyreperowania zaciekającego dachu zniszczeniu uległy m.in. sale na piętrze. Na zlecenie wojewódzkiego Konserwatora Zabytków opracowano dalszą dokumentację i pierwsze rozpoznanie archeologiczne pałacu.
W 1988 r., na mocy porozumienia między wojewodą kaliskim a dyrekcją Muzeum Narodowego w Poznaniu, nastąpiło przejęcie zespołu przez tą ostatnią instytucję, co z kolei umożliwiło powołanie 1 grudnia tegoż roku Muzeum Wolnomularstwa, które jako oddział Muzeum Narodowego w Poznaniu istniało do końca 1995 r. W ciągu tego okresu uwagę skupiono przede wszystkim na najpilniejszych pracach porządkowych i zabezpieczających, prowadzonych z resztą z licznymi przerwami spowodowanymi brakiem środków. Wspomniane trudności zadecydowały o tym, że z końcem 1995 r. zdecydowano o usamodzielnieniu dobrzyckiej instytucji i zmianie jej podporządkowania. Na skutek tych decyzji w styczniu 1996 r. powstało samodzielne Muzeum Zespół Pałacowo-Parkowy w Dobrzycy podlegające początkowo wojewodzie kaliskiemu, następnie starostwu powiatowemu w Pleszewie, a od 2002 r. Urzędowi Marszałkowskiemu Województwa Wielkopolskiego.
Opłakany stan obiektów sprawił, że do połowy pierwszego dziesięciolecia XXI w. działalność muzeum koncentrowała się przede wszystkim na pracach remontowych i konserwatorskich, których ukończenie w 2004 r. umożliwiło udostępnienie dla zwiedzających wnętrz pałacowych. Otwarcie Muzeum nastąpiło w uroczystej oprawie 14 lutego 2005 r. – wśród zaproszonych gości znalazł się m.in. ówczesny minister kultury Waldemar Dąbrowski, który w swej przemowie określił zespół pałacowo-parkowy mianem „wielkopolskich Łazienek”.
Po kilku latach dyskusji nad formułą placówki, Muzeum od 2009 r. zmieniło profil działalności, przekształcając się w Muzeum Ziemiaństwa Zespół Pałacowo-Parkowy w Dobrzycy. Realizując nowe założenia programowe, Muzeum, prócz działalności wydawniczej i współpracy z innymi instytucjami na polu upowszechniania tradycji ziemiańskich, prezentuje we wnętrzach wystawy czasowe o tematyce związanej z ziemiaństwem, dawną obyczajowością i kolekcjonerstwem.